A história do surgimento da Paróquia Santa Rosa de Lima, em Perus, inicia-se no começo do século 20, por volta do ano 1903. Nessa época não havia praticamente nenhum morador em Perus, mas um casal mudou-se para cá e a esposa era devota de Santa Rosa de Lima, a qual trouxe uma imagem da santa. Nessa região havia uma capela com uma imagem de Nossa Senhora Auxiliadora, a qual na época era venerada pelos moradores. Com o tempo e por insistência do casal a imagem de Santa Rosa também foi colocada na capela, e com isso a paróquia começou a ser chamada por esse nome, sendo considerada padroeira do bairro de Perus posteriormente. A área, não sendo paróquia ainda, pertenceu à cidade de São Paulo e no decorrer do tempo fez parte de paróquias já formadas, como Cajamar, mas tinha ligações também com a Freguesia do Ó.
No ano de 1940 a Paróquia Santa Rosa de Lima foi construída. A partir da sua criação como paróquia começou uma estabilidade maior dos responsáveis pela pastoral. Mesmo assim, no início, ainda houve muitas mudanças, como por exemplo, o fato de não haver um padre fixo. Isso mudou completamente com a vinda do Pe. Francisco Ecker, austríaco, que veio de Taubaté para cá. Essa mudança em termos de estabilidade foi ainda maior com a vinda dos monfortinos (smm), em 1966, uma congregação fundada em 1716, na França.
A antiga igreja foi demolida, pois era pequena demais para o povo que começou a aumentar, dando lugar a uma nova. A construção da nova igreja já tinha começado e os primeiros monfortinos a terminaram, invertendo a planta. A primeira planta da igreja como conhecemos hoje era da seguinte maneira: casa paroquial e salas embaixo e a igreja em cima. Ficou decidido inverter essa construção com igreja embaixo e casa paroquial em cima, como é atualmente.
O primeiro pároco monfortino da Paróquia Santa Rosa de Lima foi o Pe. Guilherme Kuypers (1966-1972) que veio para cá vindo de Moçambique, com 70 anos
de idade. Em seguida foram nomeados Pe. Carlos Knibbeler (1972-1975), Pe. Pedrinho Stevens (1975-1985) e Pe. Matheus Vroemen (1985 até hoje).
No início a pastoral era bem tradicional, ligada à famílias tradicionais. Na época ocorreu o Concílio Vaticano II, terminado em 1965, quando houve mudanças na liturgia, na administração dos sacramentos, na pastoral, na área social e política. Naquele tempo também houve a greve da fábrica de cimento Portland que durou 7 anos e o surgimento das Comunidades Eclesiais de Base (CEB's) a partir de 1973. A primeira CEB do bairro de Perus foi a João XXIII, fundada em 1973, no Jardim do Russo, e a última (até agora) foi a Sagrada Família, fundada em 2008, no Jardim Adelfiore, completando assim 9 comunidades. Em breve haverá a 10ª, que provavelmente surgirá perto dos prédios de CDHU e COHAB. Foi a época ainda da fundação da creche que começou em 1968 e que acolheu crianças de famílias pobres até o ano de 1996.
Na liturgia houve também a grande mudança da introdução da língua portuguesa no lugar do latim e também da criação do ministério dos leigos para batismo, eucaristia e celebração da palavra. Hoje há um total de 35 ministros, sendo 3 ministros de batismo, 25 ministros de eucaristia e7 ministros da palavra.
A paróquia foi uma das primeiras a trabalhar com um Conselho Paroquial, do qual participam leigos engajados na pastoral junto com os padres. É uma plataforma formada por representantes de todas as camadas da paróquia para conversar sobre assuntos pastorais e para chegar a conclusões e decisões práticas sobre liturgia, ação social, construções e reformas, início de nova(s) comunidade(s), compra de terrenos, organização de festas, catequese, finanças e outras ações. Há ainda o Conselho dos Coordenadores que trata mais especificamente de assuntos relacionados às CEB's e que tem como membros os coordenadores e vice coordenadores de todas as CEB's.