Capitão General Bernardo José de Lorena, Governador da Capitania de São Paulo, Anna Maria de Almeida Lorena Machado, uma “virtuosa dama da sociedade paulista”, como a definiu um jornal da época, que envidou grandes esforços para construir, em sua chácara, uma capela para homenagear o Menino Jesus e Santa Luzia, santos de sua devoção. A Capela sempre foi mantida em perfeito estado de conservação por Anna Maria, que patrocinava festas celebradas sempre nos dias 13 e 25 de dezembro, religiosamente.
Conforme narrado pela família da fundadora, sua devoção ao Menino Jesus e à Santa Luzia nasceram devido ao fato de, ao retornar de uma viagem de navio que fez a Paris, após ter havido um naufrágio, onde muitas pessoas perderam a vida, Dona Anna Maria foi salva e perdeu todos os seus pertences, entre eles uma lindíssima imagem, estimada por toda sua família, do Menino Jesus de Praga.
Desesperada, começou a rezar, fervorosamente, por um milagre: o de reaver a imagem do Menino Jesus. Estando na praia, ao amanhecer, posto que se salvara e aguardava o retorno, viu, flutuando, a imagem se aproximar. Anna Maria foi correndo ao seu encontro e, nesse momento, prometeu que, ao regressar ao Brasil, construiria uma Capela em honra ao Menino Jesus e Santa Luzia, o que realizou em 13 de dezembro de 1901, vindo a falecer em 11 de junho de 1903.
Após sua morte, seus herdeiros mantiveram os cultos na Capela, em atenção a pedido expresso deixado em seu testamento. Com o passar do tempo, os herdeiros começaram a enfrentar problemas financeiros e os cultos e a conservação da Capela foram se tornando mais difíceis para eles, razão pela qual delegaram tal tarefa à Cúria Metropolitana, que se incumbiu dos cuidados até 1921, quando a incumbência passou a ser das religiosas Servas do Santíssimo Sacramento, que vieram a São Paulo para instalar a primeira sede da Adoração Perpétua ao Santíssimo Sacramento. Em 1929, as religiosas se mudaram para um prédio na Rua da Glória e o cuidado da Capela passou aos Padres Sacramentinos.
Tempos depois, a Capela do Menino Jesus e de Santa Luzia passou a ser cuidada pelos Missionários de São Francisco de Salles, que estabeleceram ali a Capelania dos franceses durante 30 anos até transferi-la para o Colégio Pasteur. A Missão Católica Espanhola instalou-se na Capela e ficou ali por seis anos. Após a saída dos padres espanhóis, a Capela ficou praticamente abandonada. Eis que, em 1970, a pedido de Dom Agnelo Rossi, assumiu a Capelania Dom Ernesto de Paula, bispo da Diocese de Piracicaba que, mesmo com sérios problemas de saúde e com idade avançada, imprimiu uma nova vida à Capela: restaurou o salão paroquial; construiu a ante-sala da sacristia; promoveu festas religiosas e a devoção do Menino Jesus e Santa Luzia, recolheu valiosas obras de arte e as encaminhou ao Museu de Arte Sacra, na Avenida Tiradentes, entre outros feitos. Dom Ernesto faleceu em 1994 e está sepultado na Cripta da Catedral da Sé. Nesse mesmo ano de 1994, mais precisamente no dia 13 de junho, a Capela do Menino Jesus e de Santa Luzia foi tombada.