Os Capuchinhos de Trento foram chamados pelo Governo Imperial para continuar a evangelização dos índios. Aportaram no Rio de Janeiro aos 6 de outubro de 1889. Em novembro demandaram para São Paulo e o bispo D. Lino Rodrigues Carvalho os enviou a Tietê a fim ajudar o Cônego Valeriano Lopes, idoso e doente. Em 16 de abril de 1890 chegaram a Piracicaba onde iniciaram seus trabalhos apostólicos. Para ter na capital de São Paulo um Convento para Estudos, adquiriu-se um terreno nos Campos do Paraíso.
D. Duarte Leopoldo e Silva a 18 de abril de 1909, abençoou a pedra fundamental da igreja e a inaugurou aos 20 de agosto de 1911. Em 1912 o templo recebeu o Altar-mor e os dois púlpitos da antiga Sé de São Paulo, demolida naquele ano. No dia 13 de novembro de 1939 foi elevada a categoria de Matriz da Paróquia Imaculada Conceição, instalada no dia 3 de dezembro de 1939.